論文を作成する際には、内容だけでなく、形式や表記のルールにも注意する必要があります。大学や研究科、学部やゼミなどで、卒業論文や修士論文の作成にあたって、「執筆要領」や「提出要領」が定められている場合があります。執筆要領とは、論文の文字数、用紙サイズ、余白、フォント、行数、表紙の書き方、章立て、注や参考文献の表記方法、提出方法などについて示したルールのことです。
執筆要領は、単なる形式上の決まりではありません。一定の形式に沿って書くことで、論文の構成が分かりやすくなり、読み手が内容を確認しやすくなります。また、引用や参考文献の書き方を統一することは、どの資料にもとづいて論じているのかを明確にし、論文の信頼性を高めるうえでも重要です。さらに、審査や評価を公平に行うためにも、提出される論文が共通の形式に従っていることが求められます。
とくに確認しておきたいのは、文字数やページ数、表紙・目次・本文・注・参考文献の順序、章・節・項の番号の付け方、図表の示し方、引用と出典表記の方法、参考文献（一覧）の書き方、提出部数、提出方法、提出期限などです。これらの指定を確認しないまま書き進めると、提出直前になって大幅な修正が必要になることがあります。
また、執筆要領は、一般的には、大学によって、また学部や研究科によっても異なります。また、同じ学部や研究科であっても、学科や専攻、ゼミや指導教員によって細かな指定が異なる場合があります。たとえば、宇都宮大学国際学部では、入学時に配布される『学生便覧』に卒論の書式などについて、『国際学部で学ぶための履修ガイド』には「レポート／論文作成の際の注意事項（研究倫理）」が記載されていますので、参考にして下さい。なお、学会などが発行する紀要や学会誌などでは「執筆要領」や「投稿規程」などが公表されていますので、これらに投稿する際には、熟読して執筆や投稿のルールを事前に理解しておくことが必要です。